O granito da Serra da Freita, tem duas micas, em geral granularidade média, sendo foliado; é o de maior representação na área e ter-se-à instalado, sintectonicamente, há 307,8 ± 0,7 Ma, numa zona de cisalhamento de orientação NW-SE da faixa metamórfica que se estende desde o Porto até próximo de Viseu. Geneticamente associados a este granito ocorrem, a noroeste da aldeia da Castanheira, pequenos afloramentos de microgranitos alcalinos, pegmatitos e filões de quartzo.
O maciço de Arouca é composto por um quartzodiorito biotítico, tardi-tectónico, cuja mineralogia principal é plagióclase, quartzo e biotite. O granito de Regoufe é um plutão, semi-circular com três quilómetros de diâmetro, rico em albite e moscovite, tendo uma textura porfiróide; é também tardi-tectónico.
Em Alvarenga o granito é de duas micas e não porfiróide, sendo considerado contemporâneo do granito de Regoufe. Todos estes plutões provocaram auréolas de metamorfismo de contacto até cerca de 2-3 km da intrusão.

A descompressão provocada pela diminuição da espessura da crusta, durante a exumação das rochas no seguimento do colapso do orogeno, terá provocado a fusão de material da crusta média, a sua ascensão (facilitada pela existência de zonas de cisalhamento subverticais) e a sua intrusão (concomitantemente com a 3ª fase de deformação), que consolidou no que é hoje o granito da Serra da Freita. Cerca de 3 a 7 Ma depois, terá havido a intrusão de magmas mais profundos (parte deles oriundos do manto). Esses magmas sendo mais ricos em ferro e magnésio originaram o que é hoje o plutão quartzodioritico de Arouca.

Enquadramento regional do granito da Serra da Freita e dos plutões circundantes.    Mapa adaptado do trabalho de Valle Aguado et al., 2005. 

De acordo com um estudo publicado em 2005 por duas investigadoras da universidade de Aveiro em co-autoria com investigadores de Salamanca, Londres e Zurique (ver na bibliografia, Valle Aguado et al., 2005) o granito da Serra da Freita (também referido como granito da Junqueira) terá 307,8 ± 0,7 Ma. Nesse estudo foi utilizado o método urânio-chumbo (U-Pb) de datação radiométrica no qual se utilizam quantidades incrivelmente pequenas de urânio e chumbo existentes em alguns (pouquíssimos) minerais do granito. As amostras de granito são moídas e os minerais, [no caso a monazite, de composição CePO₄, com uma média de 0,5 % de U + Pb, substituindo o cério (Ce)], são separados utilizando líquidos pesados e separadores magnéticos. Foram utilizados 8 grãos de monazite com o peso total de 0,000 005 2 gramas, das quais apenas  0,000 000 028 gramas seriam de U+Pb.

  No final da 1ª fase de deformação o orógeno de que a Serra da Freita seria parte constituinte terá tido um espessamento considerável (da ordem dos 50 km). Em consequência, e por acção de uma zona de cisalhamento subhorizontal que se terá então formado, a parte superior do orogeno terá colapsado. O movimento dessa mega estrutura, em regime distensivo, terá gerado as dobras de plano axial subhorizontal características da 2ª fase de deformação Varisca neste sector. As rochas mais afectadas terão sido rochas do médio e do alto grau metamórfico. Segundo alguns investigadores foi nesta altura que se terão formado as principais rochas metamórficas (xistos biotíticos, xistos estaurolíticos, xistos com andalusíte) da Serra da Freita. Adaptado do trabalho de Escuder Viruete et al., 1994.